Tradice chovu koní v Napajedlech trvá od roku 1887, kdy dostihový jezdec, chovatel koní a politik Aristides Baltazzi, který se do tam přiženil a zvelebil hřebčín svého tchána, založil chov anglického plnokrevníka.

Hřebčín byl dlouhá léta nejúspěšnějším chovatelem anglických plnokrevníků v Čechách a na Moravě. „V hřebčíně se konaly každoroční dražby ročků, na které za Rakouska-Uherska vypravovali speciální vlak z Vídně,“ píše Muzeum Napajedla na svých stránkách.

V roce 1930 koupil československý stát chovné koně do svého vlastnictví a pozemky, budovy a zámek ve veřejné dražbě získal Jan Antonín Baťa. Pozemky a stáje hřebčín získal zpět až v roce 1937, kdy s firmou Baťa směnil své pozemky v Otrokovicích a Tlumačově. V roce 1992 byl Hřebčín Napajedla privatizován v rámci kupónové privatizace se zachováním rozhodovací pozice státu formou zlaté akcie a od roku 2005 se stal soukromou akciovou společností.

V hřebčíně natáčeli i filmaři 

Fotogenické prostředí hřebčína a zdejší koně využili i filmaři. „V hřebčíně se natáčel film Už zase skáču přes kaluže, některé z dílů seriálu Četnické humoresky II a seriál Znamení koně,“ připomíná Muzeum Napajedla. A dokonce se říká, že na koních z Napajedel jezdili filmoví představitelé  Old Shatterhanda a Vinetoua.